renv
在磚
renvR R包,用戶可以管理依賴特定的筆記本。
使用renv
R庫,您可以創建和管理您的項目環境,拯救這些庫的狀態lockfile
根據需要,後來恢複庫。在一起,這些工具可以使項目更加孤立,便攜和可再生的。
基本renv
工作流
安裝renv
你可以安裝renv
作為一個集群級圖書館或作為一個notebook-scoped圖書館。安裝renv
notebook-scoped庫,使用:
需要(devtools)install_version(包=“renv”,回購=“http://cran.us.r-project.org”)
磚建議使用一個凹口快照庫修複包版本。
初始化renv
會話與預裝R庫
當使用的第一步renv
初始化會話使用嗎renv: init ()
。集libPaths
改變默認的下載位置是你的R notebook-scoped庫路徑。
renv::初始化(設置=列表(external.libraries=.libPaths())).libPaths(c(.libPaths()(2),.libPaths())
使用renv
安裝額外的包
您現在可以使用renv
R的API來安裝和刪除包。例如,安裝最新版本的消化
運行以下的筆記本電池。
renv::安裝(“消化”)
安裝一個舊版本的消化
運行以下的筆記本電池。
renv::安裝(“digest@0.6.18”)
安裝消化
從GitHub,運行以下的筆記本電池。
renv::安裝(“eddelbuettel /消化”)
從Bioconductor安裝包,運行以下筆記本電池的內部。
#(注:需要BiocManager包)renv::安裝(“bioc:: Biobase”)
請注意,renv:安裝
API使用renv緩存。
使用renv
保存您的R筆記本的DBFS環境
運行以下命令在拯救環境。
renv::設置美元snapshot.type(“所有”)
這集renv
安裝到快照所有包libPaths
,而不隻是那些目前正在使用的筆記本。看到renv文檔為更多的信息。
現在,您可以運行下麵的筆記本電池內部保存環境的當前狀態。
renv::快照(lockfile=“/ dbfs /路徑/ / /你/想要/ /保存/ renv.lock”,力=真正的)
這個更新lockfile
通過捕獲上安裝的所有包libPaths
。還你的移動lockfile
從本地文件係統DBFS,它依然存在,即使你的集群終止或重新啟動。
重新安裝一個renv
環境了lockfile
從DBFS
首先,確保你的新集群運行一個完全相同的磚作為你第一個創造了運行時版本renv
環境。這確保了預裝R包是相同的。你可以找到這些在每個運行時的列表發布說明。在你安裝renv運行以下的筆記本電池。
renv::初始化(設置=列表(external.libraries=.libPaths())).libPaths(c(.libPaths()(2),.libPaths()))renv::恢複(lockfile=“/ dbfs /路徑/ / /你/保存/ renv.lock”,排除=c(“Rserve”,“SparkR”))
這張你lockfile
從DBFS到本地文件係統,然後恢複任何包中指定lockfile
。
請注意
為了避免丟失庫錯誤,排除Rserve
和SparkR
修複包的包。這些包都是預裝在所有運行時。
renv
緩存
一個非常有用的功能renv
是它的全球包緩存,這是所有共享renv
項目在集群上。它加速了安裝時間和節省磁盤空間。的renv
通過緩存不緩存包下載devtools
API或install.packages ()
以外的任何額外的參數包裹
。