使用pymc的方式。model_to_graphviz成磚的筆記本

[不光滑的]

大家好,

我創建了一個簡單的貝葉斯模型在Python中使用pymc庫。我想使用pymc.model_to_graphviz圖形代表我的模型(模型=模型)方法。

然而,似乎它不工作在一個databrcks筆記本,甚至安裝後圖書館集群中的“graphviz”。特別是,我得到了如下的錯誤:

ExecutableNotFound:未能執行PosixPath(“點”),確保Graphviz可執行文件係統路徑

有一種方法來解決這個問題嗎?

[jonathan-dufaul]

一個很基本的問題……你有graphviz本身安裝嗎?看起來像pymc不需要安裝(見例如https://docs.pymc.io/en/v3/api/model_graph.html)

% pip安裝graphviz

它說,它已經安裝了嗎?我也有過類似問題cython使用libgsl(我想包需要安裝它,但沒有)

編輯:如果有人來這裏從穀歌在未來。上麵的解決方案本身並不是完整的。皮普隻安裝python綁定的graphviz可執行文件(如下詳細)。你仍然需要安裝graphviz通過apt或conda。

編輯2:如果有人在這裏從穀歌在未來,你的沮喪在解決這個問題是完全有效的,你也是…希望這個解決方案也適用於你的問題。

[不光滑的]

是的,我已經安裝了圖書館我直接向集群使用graphviz。

[jonathan-dufaul · Accepted solution]

我真的很抱歉。看起來graphviz需要安裝恰當的。我完全認為pypi包包含可執行文件,但它看起來並不(有類似的問題在這裏)

我相信' % sh apt安裝- y graphviz應pymc工作(隻在司機節點,所以隻是為了測試)。時安裝集群本身,我通常去技術部門的人讓他們改變任何集群/啟動安裝腳本。我相信這隻是上麵的命令但在init腳本。

真是把我pypi不包括一個可執行一個循環。

讓我知道如果這是行不通的。我們會得到的底部。

[不光滑的]

非常感謝!通過使用:

% sh apt安裝- y graphviz

直接在筆記本電池工作。你真的很有幫助。

現在當我運行:

pymc.model_to_graphviz(模型(模型)

我得到:

< graphviz.graphs。有向圖在0 x7f7fb2634d90 >

我也試圖利用“渲染”的方法:

pm.model_to_graphviz(模型=層次).render ()

但輸出字符串:

“.gv.pdf”

你知道可以渲染圖內的筆記本嗎?或者找到圖在哪裏?

再一次,非常感謝