預包裝SnpEff注釋管道

重要的

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磚基因組學的運行時已被棄用。開源的等價物,看到回購genomics-pipelines和發光。生物信息學庫是運行時的一部分被釋放集裝箱碼頭工人,可從ProjectGlow Dockerhub頁麵。

關於磚運行時棄用策略的更多信息和時間表,看看所有支持的磚運行時版本。

設置

運行SnpEff(v4.3)磚的工作。

管道已測試8520萬變體網站從1000年基因組項目集群使用以下配置:

您必須配置參考基因組使用環境變量。使用GRCh37,設置環境變量:

             refGenomeId=grch37
            

使用GRCh38相反,設置環境變量:

             refGenomeId=grch38
            

管道接受一個參數,控製其行為的數量。最重要和常見的改變參數記錄;其他SnpEff注釋可以在管道筆記本。導入筆記本之後,它作為一個工作任務,您可以設置這些參數所有運行或每次運行。

帶注釋的變體寫入增量表內所提供的輸出目錄。如果你配置VCF管道出口,他們會出現在輸出目錄。

             輸出| - - - - - -注釋| - - - - - -δ文件| - - - - - -注釋。vcf
            