磚7.4運行時的基因組學(不支持)

磚在2020年11月發布了這張照片。

磚7.4運行時的基因組學是一個版本的磚運行時的7.4(不支持)針對處理基因組和生物醫學數據進行了優化。它是一個組件的磚統一為基因組學分析平台。Beplay体育安卓版本

重要的

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磚基因組學的運行時已被棄用。開源的等價物,看到回購genomics-pipelines發光。生物信息學庫是運行時的一部分被釋放集裝箱碼頭工人,可從ProjectGlow Dockerhub頁麵。

關於磚運行時棄用策略的更多信息和時間表,看看磚運行時版本和支持計劃的支持

更多信息,包括指令創建磚基因集群,運行時看到的基因組學導遊。關於開發基因組學應用程序的更多信息,請參閱基因組學導遊

新功能

磚7.4運行時的基因組學是建立在磚7.4運行時。有什麼新信息的磚7.4運行時,看到的磚運行時的7.4(不支持)發行說明。

GloWGR為二進製特征

GloWGR現在可以適應全基因組二進製特征的回歸模型。

邏輯回歸函數接受補償參數

logistic_regression_gwas函數現在接受一個抵消參數。這個參數是相當於固定係數的特性1。似然比檢驗和弗斯懲罰似然比檢驗尊重這個參數。的輸出GloWGR應該作為一個傳遞抵消

冰雹的支持

磚7.4運行時的基因組學的第一個版本7。x線包的支持冰雹

改進

GloWGR便利的函數

RidgeRegressionLogisticRegression現在在GloWGR提供transform_loco函數生成leave-one-chomosome-out(火車頭)預測。此外,GloWGR現在包括一個reshape_for_gwas函數重塑從GloWGR預測到的一種形式協會測試在發光可以接受。

GloWGR可用性改進

現在GloWGR定量和二進製特征提供了更好的性能和更清晰的錯誤消息的驗證失敗。

更快的VCF讀者

磚7.4運行時的基因組包含一個實驗快VCF讀者。你可以激活新讀者通過設置火花配置io.projectglow.vcf.fastReaderEnabled真正的在筆記本或集群配置。

下麵列表中包含的庫磚7.4運行時的基因組學不同於那些包含在磚7.4運行時。

升級庫

  • 冰雹:0.2.40 0.2.58

包裝庫

圖書館

版本

亞當

0.32.0

GATK

4.1.4.1

冰雹

0.2.58

Hadoop-bam

7.9.2

samtools

1.9

VEP

96年